No período colonial o Brasil foi alvo de vários ataques das autoridades do clero português, os inquisidores atuaram de forma sistemática, mesmo nunca havendo um tribunal da inquisição no Brasil.
Esses processos eram na sua maioria contra judeus e muçulmanos recém convertidos, chamados de Novos Cristãos. Esses por sua vez eram donatários de terras, possuíam escravos, e detinham controle de engenhos, o que lhes proporciona uma maneira diferenciada de continuar fazendo negócios entre si, e até realizando ritos de suas religiões originais. Fazendo um forte contraste com as colônias Espanholas, onde eram alvo dos tribunais os indígenas não convertidos.
A inquisição atuou principalmente no Nordeste. Bahia, Pernambuco e Maranhão nos anos de 1591,1595,1618, 1627. Também visitaram o território do *Grão Pará em 1763 e 1769. Somente durante o período imperial foi decretado o Estado Laico.
Grão Pará, era um território que não pertencia ao Brasil mas era colônia portuguesa. Só sendo anexado ao Brasil Imperial em 1828. por D. Pedro I.